es liegt nicht an den includes, sondern an deinem fehlerhaften seitenaufbau
1) du hast 2 body-tags insgesamt in deinen dateien, das ist 1 zuvie
2) du musst eine tabelle um das ganze basteln, sonst kannst du rechts.php nicht positionieren. anbei ein beispiel
<html>
<body>
<table border=0 cellpadding=0 cellspacing=0>
<tr>
<td colspan=2>
<!-- header -->
</td>
</tr>
<tr>
<td>
<!-- links -->
</td>
<td>
<!-- rechts -->
</td>
</tr>
<tr>
<td colspan=2>
<!-- footer -->
</td>
</tr>
</table>
</body>
</html>
und statt den kommentaren <!-- [text] --> machst du deine php includes der bereiche mit den selben namen
gruss, uli