Genau, du musst zwischen Zeilenumbrüchen in der Datei, also im Quelltext und solchen in HTML unterscheiden. Letztere brauchen ein <br />.
Nachträglich könntest du das zB so machen, statt dem include:
echo nl2br(implode('', file('meininclude.txt')));
...wobei da natürlich evtl vorhandener PHP-Quellcode in der externen Datei nicht ausgeführt wird! Aber so wie du es schilderst hast du da eh keinen drin.